最终章

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和华冉尊以让奥尔库斯成为魔神为条件提出与其合作（顺便一提奥尔库斯被亲人下诅咒，导致实力再也无法提升，原本是打算以番外的形式讲述奥尔库斯还有普洛塞庇娜的故事，不过现在只能放弃了。）

最终两人达成协议，同时普洛塞庇娜也感谢和华冉尊让她知晓困住她的那个与母亲力量相反的「未知的规则」的来源是宙斯那些人欺骗她从而解析了她的力量得到的。

在对话中，和华冉尊还透露了计划所需要的「未元物质」已经不需要考虑，目前所缺少的东西只有两样，有一样很快就可以得到，另一样需要等到欧提努斯行动才能得到。

因为不打算将奥尔库斯牵扯到其中的普洛塞庇娜要求和华冉尊在不透露她的存在的情况下阻止其回到原来的时空，并在离开的时候扔一推各式各样的武器还有衣物给和华冉尊后便离开了，这些东西全部是普洛塞庇娜为奥尔库斯准备的。

花开院柚罗在除妖的时候意外来到了一个被废弃实验室中，并与一只潜藏在这里的怪物激战，将其打败后花开院柚罗从少得可怜的资料中得知怪物是一种名为「荒魂」的生物，并在其身上发现一张高仿的学园都市用于进出的证件。

花开院柚罗所发现的「荒魂」是为了销毁幕后主使的证据而被留下来的。

意识到此事不简单的花开院柚罗连忙回本家说明想法并打算进入学园都市。

在花开院柚罗发现「荒魂」的三天前，学园都市各地无规律的出现「荒魂」，并且现代武器对这些突然出现的怪物毫无作用，奇怪的是能力者的直接或间接攻击可以产生作用，为此学园都市专门召集能力者对抗这些突然出现的怪物。

在某天执勤的时候白井黑子遇到手持日本刀的女孩，从外表看大概是十二岁，有着一头紫发，在女孩旁边还有数名能力者倒地不起。

见到白井黑子后少女自称名为燕结芽，并在此之后发起进攻。燕结芽的能力为操控气流，等级为强能力者，但是她能力的用法十分单调，仅仅是给自己加速，但刀法十分了得，白井黑子很快便败给了燕结芽。

深感自己弱小的御坂美琴在回来之后一直努力训练，而刚训练完毕的她看到了白井黑子被燕结芽打败。

两人由此进行交锋，短暂的交战后因为吸引来了数名「风纪委员」，察觉自己无法应付全部人后燕结芽选择了撤退，撤退时手臂被御坂美琴打伤。

从「风纪委员」中御坂美琴得知燕结芽在这三天内袭击了不少能力者，其原因不明，但每一次战斗她都会先自报姓名。

受伤后的燕结芽在医院遇到了进行身体活动的御坂美奈，此时「荒魂」袭击医院，御坂美奈与燕结芽联手击败，闲谈了一会儿后彼此约定伤好以后进行一场战斗。

在「荒魂」肆虐之时，声称有办法提前预测「荒魂」出现的地点的高津雪那来到学园都市，使用她的方法发现「荒魂」的准确率确实高了很多，并在之后公开处理击杀「荒魂」后的产物——「熔渣」。

来到学园都市的花开院柚罗首先去打听御坂美奈的下落，几经波折后于医院见到御坂美奈。

两人首先怀疑的目标便是高津雪那，当晚御坂美奈独自一人潜入研究所，花开院柚罗则在外面接应。

在里面御坂美奈见到了高津雪那暗中收集了许多「熔渣」，为了得到更详细的资料，御坂美奈来到了保管文件的地方，正要查看文件的时候燕结芽突然出现，两人就此交手。

在外面的花开院柚罗巧遇御坂美琴，正当花开院柚罗解释事情经过的时候研究所响起了刺耳警报，同时通过检查附近监控的高津雪那发现了花开院柚罗的行为有些奇怪，怀疑是接应的人而派能力者逮捕。

想着先撤离的御坂美奈遭到一名神秘女性的阻击，对方纯粹是打算将她们逼入研究所内，尝试了数次突破都无果的两人只能按照对方想法行动，果不其然等她们闯入研究所后对方并没有追击，在前往研究所深处的时候遇到大量的「荒魂」，考虑到花开院柚罗的情况，御坂美琴留下来阻挡，让花开院柚罗确认高津雪那的目的。

得到「无效」还有「战意永存」的一部分力量的御坂美琴拥有超出常人十倍的恢复能力，并且她的能力不会受到其他力量的干扰而扭曲或消除等，就比如现在的御坂美琴不会因为「AIM扩散力场」而发生能力失控的现象。最主要的是御坂美琴将不受她本身天赋的限制，可以一直变强下去直到「无效」影响不到的程度……（中间内容略过）

高津雪那收集如此多的「熔渣」主要是为了在众多「荒魂」中找一个曾经被自己害死的人的灵魂——皐月夜见——并将其复活，据其所说让变成「荒魂」的人恢复过来的方法是一个看不出容貌听不出声音的人传授的。

高津雪那最后警备员抓起来，临走之时她告诉众人「熔渣」需要放到神社中进行祭祀，放着不管最后还是会重新变回「荒魂」。

将此事告知了族内人后，花开院柚罗以巫女的身份留在学园都市，与她一起的还有皐月夜见，燕结芽一开始并不打算干这种无聊的事，但与御坂美奈进行赌斗被打败后只能乖乖遵照约定留下来。

在后来清点「熔渣」数量的时候发现少了一大半。

八月十八号因为呆在医院太过于无聊让附近的一个「妹妹」代替自己住院。

来到街道的御坂美琴因为看到御坂美琴等四人而躲到一个僻静的地方，在那里她看到了一名少女与一个小女孩在对峙，从对话中她了解到少女名为神名（外貌参考《战姬绝唱》中的小日向未来），小女孩叫做卡萝尔。

米可特卡此时出声，卡萝尔所使用的力量并不全是这个世界的，她借由两个世界之间所存在的共同「规律」（如两个世界都存在地球、重力……）还原了她本身的力量。

两人最后没有交手，等她们离开后御坂美奈才现身。

八月二十号活尸所做的大脑腐烂，一方通行此时正经过马路，被卷入交通事故中，经过紧急抢救于八月二十一号中午脱离生命危险，八月二十二号苏醒过来，除了大脑的情况比之前要严重一些外，左腿与右手臂骨折，内脏部分受损。

八月二十一号御坂美奈根据所得的报告推断出该场交通事故是人为造成的，之后入侵该路段的监控发现这次事故可能与神名有关。

考虑到神名是其他世界的存在，御坂美奈决定由自己替一方通行找她算账（中间省去）。

因为原来世界的两个人的缘故，神名来到这个世界后决定亲身感受人类世界，后来收留了一名受重伤的少女，其身份为「暗部」实验体，少女为了不连累神名主动跟找到自己的人离开，由于察觉到少女离开时不情愿的表情，神名当晚按照地址找人，结果发现被骗，将少女就出来后便开始对其展开报复，其中还涉及了学园都市的高层人员。（神名能力设定：绝对能力者水平以上，空间系能力）

御坂美奈与神名进行战斗，就目的来说御坂美奈打伤了神名，也算是为一方通行报仇了，但就战斗结果来说御坂美奈受到的伤更重，最后还是由卡萝尔的另一个人格艾芙奈恩送回医院。（卡萝尔设定：精神系超能力者，演算能力不在御坂美琴之下，但只用于给自己制造虚假的记忆，通过解析「世界的规律」后可以使用原来世界的力量——炼金术，这个力量需要燃烧记忆作为代价发动。）

发现御坂美奈再添新伤，御坂美琴决定要尽可能的过去医院看望一下御坂美奈才行。

九月初，原本可以平等看待众生的创世神受人类和华冉尊的影响，下意识的控制恒根帝都保住了一个女孩的性命，同时将救人的方法教授给恒根帝都。

九月二十号，御坂美奈预计还有六天可以出院。

住院期间御坂美奈发现失去了一个妹妹的踪迹后离开医院，临走时让最后之作切断与「御坂网络」的联系，御坂美奈离开后食蜂操祈派来的人才赶到。

刚开始调查没多久的御坂美奈注意到原本拥挤的道路让出了一条通行道，但很快便消失了，顺着那条路的方向赶过来的御坂美奈刚好碰上御坂美琴失控。

计算能力已经达到超能力者级别但还没有实际测试的御坂美奈在打破了御坂美琴的防御后利用「黑暗」强制解除诱导……

九月二十六号御坂美奈久违的开始了校园生活。

九月三十号晚一方通行出事，正在陪着御坂美琴游玩的御坂美奈让其先回宿舍，自己一个人跑去解决问题，但遭到御坂美琴拒绝，并要求两人一起行动，在查找中两人遇到了名为上条当麻的人，从他那里了解到大致情况后，御坂美琴独自挡下追兵，御坂美奈与上条当麻解决此次事件。

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